Власти утверждают, что медресе попирают закон, а некоторые педагоги ислама в ответ обвиняют государственные школы в несоответствии растущей потребности в религиозном образовании.
Кыргызские власти также обеспокоены растущим числом школьников, пропускающих занятий во время общей пятничной молитвы и тем, что вместо школ дети посещают медресе.